Subito dopo l’inizio dei lavori di costruzione del Parco, a causa delle forti critiche al progetto da parte di alcuni esponenti della cultura locale, l’Assessorato regionale al Territorio e Ambiente, a quell’epoca responsabile del progetto, impone il fermo dei lavori. Questo episodio causa le dimissioni di due dei progettisti, Minissi e Porcinai. Arena accetta di continuare la direzione dei lavori e redige una variante al progetto che accoglie i suggerimenti del Consiglio Regionale dei Beni Culturali e Ambientali.

Le modifiche sostanziali al progetto originario sono:
- la costruzione di una seconda duna che circonda il parcheggio ed aumenta la separazione tra città e Parco;
- l’accesso carrabile attraverso una rotonda, certamente fuori scala rispetto al sito, che raccorda la Statale con il parcheggio e squilibra i rapporti spaziali con la città;
- i percorsi pedonali d’ingresso. Al percorso d’ingresso attraverso il tridente, che avrebbero consentito di godere correttamente della vista frontale dei templi E,F,G, viene sostituito un percorso laterale che snatura completamente il senso del progetto originario. A causa di queste modificazioni il tridente viene utilizzato in uscita, privandolo quindi del ruolo di macchina scenica che Minissi gli aveva dato;
- il percorso sulla duna è annullato e non si mette a dimora la vegetazione prevista, che avrebbe consentito di schermare la vista delle brutte case di Marinella.
Con il passare degli anni una serie di interventi della Soprintendenza ai Beni Culturali di Trapani ha contribuito ad aumentare il senso di confusione spaziale sia dell’ingresso che del Parco, perchè non è stato seguito, come guida degli interventi, il progetto generale di Minissi.
Le modificazioni e aggiunte sono:
- all’esterno del Parco la costruzione di un gruppo di box in metallo per la vendita di gadget. Questo intervento, se è stato determinato da un’esigenza non prevista dal progettista, non è risultato efficace perchè i box sono posizionati ai margini del parcheggio, lontano dall’ingresso e senza finestre, il che costringe i commercianti ad esporre la merce all’esterno degli spazi di vendita, con l’aggiunta di pensiline, tende, ombrelloni.
- all’interno della sala ipogea sotto la duna, dove è ubicata la cassa e il modello del Parco, il posizionamento casuale e disordinato di una serie di scaffali e banchi di vendita della ditta che ha preso l’appalto dei Servizi aggiuntivi. Sono stati inoltre operati una serie di modifiche agli infissi con l’aggiunta di cancelli alle porte vetrate.
- all’interno del Parco sono state costruite tettoie per il ricovero dei mezzi di locomozione utilizzati per la visita dei turisti, posizionate in maniera abbastanza casuale e senza adeguate opere di sistemazione del suolo.
- sparse tra i templi sono state sistemate panchine in legno, cestini per i rifiuti di diverse forme e materiali, corpi illuminanti che certamente, per forma e colore, non sono adatti a essere accostati ai templi. Sono state costruite opere di canalizzazione delle acque che lasciano intravedere tubi e coperchi dei pozzetti.
- nel periodo estivo davanti al tempio E si monta un palcoscenico per gli spettacoli all’aperto organizzati dal Comune di Castelvetrano. Anche questo intervento, seppur effimero, è posizionato in maniera casuale ed è di scarsa qualità costruttiva;
- sul piazzale antistante il parco decine di venditori abusivi dispongono sui marciapiedi baracche di infima qualità.

I percorsi nel Parco
La città di Selinunte oggi viene identificata con l’Acropoli, ma in realtà questa si estendeva a nord sulla collina di Manuzza, che difficilmente è visitata, perché fino a qualche anno fa non c’erano “evidenze archeologiche” tali da attrarre i turisti.
La missione archeologica dell’Istituto Germanico di Archeologia con sede a Roma ha scoperto a Manuzza l’Agorà di Selinunte, di cui è stato scavato gran parte di un isolato che definiva il margine est. Inoltre, attraverso indagini, saggi e prospezioni aeree, Dieter Mertens, archeologo che guida la missione, ha individuato e disegnato il tracciato dell’intera città che esisteva prima della distruzione del 409 a.C. ad opera dei cartaginesi(1). Il problema che si pone è quindi di stabilire una nuova strategia dei percorsi che consenta di far comprendere a chi visita il sito archeologico le relazioni urbane tra le diverse parti di quella che era una delle più grandi città del Mediterraneo, tra l’Agorà, l’Acropoli, l’area sacra della collina orientale e quella al di là del Modione dove sorgevano i templi della Malophoros. Inoltre il nuovo percorso dovrebbe consentire di comprendere come questa città, dopo la distruzione, sia stata ridisegnata dagli abitanti rimasti che si asserragliarono sull’Acropoli e costruirono una cinta muraria ed una porta fortificata, utilizzando i blocchi di pietra presi dagli edifici distrutti. Mura e porta ancora perfettamente visibili e che costituiscono una delle maggiori evidenze del Parco ma non sono valorizzate perché la visita all’Acropoli inizia in un punto qualunque delle mura. L’attuale ingresso all’Acropoli inoltre non consente di leggere la struttura urbana ed il ruolo degli edifici sacri posizionati in relazione alla trama delle plateiai e degli stenopoi.